Социальный предприниматель, инвестор, благотворитель, один из основателей Московской школы управления СКОЛКОВО.
Часть проектов Рубена Варданяна связана с образовательными инициативами в России и СНГ. Он является партнёром-учредителем, заместителем председателя международного попечительского совета Московской школы управления «Сколково». С 2006 по 2011 год являлся президентом школы. Помимо этого Варданян возглавляет наблюдательный совет Института исследований развивающихся рынков и экспертный совет Центра управления благосостоянием и филантропии бизнес-школы «Сколково».
Рубен Варданян — сооснователь международной школы для подростков 16-19 лет UWC Dilijan College (ранее — Дилижанская международная школа) в Армении. Со дня основания обучение в ней прошли около 450 студентов более чем из 80 стран.
В 2013 году совместно с супругой Вероникой Зонабенд учредил фонд образовательных инициатив Scholae Mundi, содействующий на некоммерческой основе учащимся UWC Dilijan College и других учебных заведений через предоставление стипендий или грантов, а также запустивший совместную программу с образовательным центром поместья Дамфрис Хаус (Шотландия) под патронатом принца Уэльского.
Варданян входит либо входил ранее в советы ряда образовательных учреждений России и других стран: попечительские советы Российской академии народного хозяйства и государственной службы при Президенте РФ (РАНХиГС) (с 2014 года) и экономического факультета Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова (2014—2017), международные консультативные советы бизнес-школы Fundação Dom Cabral (Бразилия) (с 2009 года), университета International Christian University (Япония) (2011-2015) и школы управления GuangHua (Китай) (2008—2014).
С 2000 по 2016 год входил в попечительский совет фонда целевого капитала Российской экономической школы, а в 2008—2009 годах — в консультативный совет фонда.
В 2005—2008 годах был членом совета фонда Организации международного бакалавриата (International Baccalaureate Organisation).
Рубен Варданян вошел в состав жюри Yidan Prize – 2019 (Гонконг), крупнейшей премии, которая вручается за вклад в развитие образования.
Рубен Варданян является соучредителем благотворительного фонда IDeA (Initiatives for Development of Armenia), направленного на поддержку долгосрочных проектов развития Армении. С этой целью в IDeA разработана концепция частного агентства социально-экономического развития (Private Agency for Socio-Economic Development, PASED).
Значительную часть своего времени Рубен Варданян посвящает проектам, связанным с развитием инфраструктуры в России. В 2014 году он запустил проект PHILIN (Philanthropy Infrastructure — «Инфраструктура благотворительности»), который предоставляет НКО все необходимые услуги бэк-офиса - финансовый менеджмент, бюджетирование и подготовку отчетности, кадровое администрирование, юридическое сопровождение, бухгалтерию под ключ. Его цель - профессионализация некоммерческого cектора.
В 2015 году Варданян открыл компанию Phoenix Advisors, которая предлагает услуги по защите и управлению благосостоянием семьи и помогает бизнесменам выработать план преемственности.
Рубен Варданян является председателем экспертного совета созданного в 2013 году по его инициативе Центра управления благосостоянием и филантропии бизнес-школы СКОЛКОВО, который способствует развитию предпринимательства в России через создание юридической и образовательной инфраструктуры.
В 2016 году Рубен Варданян вместе с партнерами запустил Научно-технологический фонд Армении (Fund for Armenian Science and Technology, FAST), для того чтобы сформировать в стране среду для технологических инноваций и мобилизовать научные, технологические и финансовые ресурсы как Армении, так и армянской диаспоры.